No existe ninguna prueba diagnóstica para la enfermedad de Kawasaki, por lo que el diagnóstico se hace en base a los síntomas, incluyendo la incapacidad de responder a antibióticos, y a la persistencia de fiebre alta por más de 5 días.

El tratamiento de la enfermedad se divide en dos etapas:

Primera Etapa (etapa aguda). Al paciente se le da aspirina e inmunoglobulina. Estos medicamentos pueden prevenir la formación de aneurismas en las arterias coronarias, especialmente si son administrados en los primeros 10 días de la enfermedad. Si se forman aneurismas pequeños cabe la posibilidad que se resuelvan con el tiempo.

La mayoría de los niños se recuperan completamente después de que la enfermedad de Kawasaki termina su proceso agudo. Sin embargo, nuevos estudios han demostrado que los pacientes que sufrieron enfermedad de Kawasaki pueden desarrollar anormalidades coronarias muchos años después. Por lo tanto, se recomienda que continúen con un control cardiológico hasta la edad adulta.

Segunda Etapa (el tratamiento de los aneurismas coronarios). Los pacientes que desarrollan aneurismas coronarios deben tomar aspirina regularmente y van a necesitar  un monitoreo regular con ecocardiografía y en ocasiones, el cardiólogo tendrá que valorar la condición de las arterias coronarias con  angiografía. Si el o los aneurismas coronarios son grandes, el especialista tendrá que utilizar otros medicamentos anticoagulantes, como clopidogrel o warfarina.

Si el paciente presenta una estrechez o estenosis importante de una o varias arterias coronarias, puede que necesite de una intervención quirúrgica tipo cirugía de bypass o cateterismo cardiaco intervencional. Además, se pueden desarrollar aneurismas coronarios nuevos después de una dilatación con catéter balón, si ha habido disección arterial coronaria a consecuencia a una dilatación excesiva (usualmente debido al uso de balones de alta presión). La implantación de un "stent" coronario (malla metálica) puede estar indicada para prevenir la formación de un nuevo aneurisma en caso de que se confirme una  disección coronaria.