La principal preocupación después de la reparación quirúrgica del canal AV parcial es el grado de escape o insuficiencia que quede en la válvula mitral.  El adulto operado generalmente presenta un leve soplo cardiaco indicativo de un leve escape de la válvula mitral. Su cardiólogo puede utilizar la angiografía y/o la ecocardiografía para valorar el grado de insuficiencia. En un 5-10% de los casos se necesitará una segunda cirugía para reparar o reemplazar la válvula mitral dañada.

Algunos pacientes desarrollan con el tiempo una obstrucción del tracto de salida del ventrículo izquierdo debido a estenosis subvalvular aórtica (estrechez  debajo de la válvula aórtica).  Ocasionalmente (menos del 5% de los casos), estos pacientes necesitarán otra cirugía para liberar la obstrucción. Su cardiólogo puede recurrir a la ecocardiografía  y/o el cateterismo cardiaco para determinar la severidad del problema.

A veces, esta obstrucción vuelve a presentarse, por lo que se recurre a una cirugía reconstructiva. Una de las técnicas que el cirujano puede realizar se llama procedimiento de Konno modificado, en donde se reemplaza la válvula aórtica con una prótesis o una válvula mecánica.

Con el tiempo pueden aparecer alteraciones de la conducción eléctrica como bloqueo completo cardiaco, arritmias auriculares o ventriculares. Por lo tanto, a los pacientes operados del defecto del tabique AV parcial se les deben realizar electrocardiogramas (ECG) en forma periódica.

Además, existe el riesgo de desarrollar endocarditis (infección de una o varias de las válvulas del corazón).  Aquellos pacientes con insuficiencia mitral residual o que presentan obstrucción del tracto de salida del ventrículo izquierdo necesitarán de medicamentos en situaciones de riesgo, con el objetivo de prevenir una infección  cardiaca.